El Ministerio de Educación ordenó abrir dos investigaciones administrativas preliminares contra la Fundación de Educación Superior San José por presuntas irregularidades académicas, laborales y en la conformación y el funcionamiento de sus órganos de gobierno. Cobijan al representante legal, al rector, a exrectores, directivos, consejeros, administradores y revisores fiscales. El Ministerio dice tener indicios de una posible práctica recurrente y sistemática dentro de la institución, que "podrían evidenciar debilidades estructurales en los mecanismos de verificación", y va a revisar la expedición de títulos, lo que reportó al Snies, programas ofrecidos en condiciones distintas a las de su registro calificado, publicidad de programas con registros vencidos y pagos a docentes de hora cátedra por debajo del mínimo que fija la Ley 30 de 1992.
Las actuaciones las lidera el viceministro de Educación Superior, Camilo Noguera Pardo, y se apoyan en los informes de la Inspectora In Situ, la funcionaria encargada de verificar en terreno cómo se presta el servicio.